دیپارتمنت ساینس لیسه پگاه شامل بخش های ریاضی، فزیک، کیمیا، بیولوژی، تربیت بدنی و کیمیا می شود. تعداد مجموعی استادان این دیپارتمنت ۱۵ نفر می باشد. یکی از کارهای ویژه معلمین این دیپارتمنت کار روی کتاب های مستقل شان در بخش های فزیک، ریاضی و کیمیا می باشد. قرار است این دیپارتمنت کورس های زمستانی ویژه را برای دانش آموزان پگاه و مکاتب دیگر برگزار کنند.
روش تدریس در دیپارتمنت ساینس لیسه پگاه به شکل شاگرد محور در قالب کارهای گروهی در داخل و خارج از صنف می باشد.